A Igreja Católica não aceita que os seus fieis sejam da maçonaria e historicamente já se opôs radicalmente a esta sociedade secreta, devido aos princípios anticristãos maçônicos, em especial os deístas, humanistas ou iluministas.

Tendo iniciado a sua longa história de condenação pública quando o Cardeal André Hercule de Fleury, primeiro-ministro de Luís XV, a 14 de Setembro de 1737, proibia todas as reuniões secretas e, especialmente, a formação de associações qualquer que fosse o pretexto e qualquer que fosse a denominação.

Depois será a vez do Papa Clemente XII, a 28 de Abril de 1738, que proibiu os católicos de se tornarem membros de lojas maçónicas, através da bula In eminenti apostolatus specula.

A Igreja Católica assinalava assim a incompatibilidade entre o juramento e o segredo das obediências maçónicas e a condição de cristão integrado na Igreja Católica Romana. Após essa primeira condenação, surgiram mais de vinte outras.

Entre elas, que fazem referências desfavoráveis à maçonaria além da referida, enumeram-se as seguintes: Providas Romanorum, de Bento XIV (1751); Inscrutabili Divinae, de Pio VI (1775); Ecclesiam a Jesu Christo, de Pio VII (1821); Quo Gravioria Mala, de Leão XII (1825); Traditi Humilitati (1829), Litteris Altero (1830), Pio VIII; Mirari Vos (1832), Gregório XVI; Qui Pluribus (1846), Quibus Quantisque Malis (1849), Quanta Cura (1864), Multiplices Inter (1865), Apostolicae Sedis Moderatoni (1869), Etsi Multa (1873), Etsi Nos (1882), de Pio IX; Humanum Genus (1884), Officio Sanctissimo (1887), Dall’Alto Dell’Apostolico Seggio (1890), Inimica Vis (1892), Custodi di quella fede (1892), Praeclara (1894), Annum ingressi (1902), de Leão XIII.

Muitas, conforme é possível perceber, foram escritas por este último papa Leão que foi um dos mais ferrenhos opositores dessa sociedade secreta e sua última condenação data de 1902, na referida encíclica Annum Ingressi, endereçada a todos os bispos do mundo em que alarmava da necessidade urgente de combater a maçonaria, opondo-se radicalmente a ela.

O último documento oficial de referência é a Declaração sobre a maçonaria, assinado pelo então prefeito da Congregação para a Doutrina da Fé, cardeal Joseph Ratzinger, depois Papa Bento XVI, em 26 de Novembro de 1983. O texto afirma que permanece imutável o parecer negativo da Igreja a respeito das associações maçónicas, pois os seus princípios foram sempre considerados inconciliáveis com a doutrina da Igreja e por isso permanece proibida a inscrição nelas. Os fiéis que pertencem às associações maçónicas estão em estado de pecado grave e não podem aproximar-se da Sagrada Comunhão.

Em 2007, o Vaticano através do regente do Tribunal da Penitenciária Apostólica, o Bispo Gianfranco Girotti, numa declaração após uma conferência intitulada «A Maçonaria e a Igreja Católica», que teve lugar na Pontifícia Faculdade Teológica de São Boaventura de Roma, lembrou que "a Igreja sempre criticou as concepções e a filosofia da maçonaria, considerando-as incompatíveis com a fé católica". Fez referência às declarações de alguns sacerdotes que publicamente se declaram membros da maçonaria, nomeadamente um padre de 85 anos de idade, Francesco Esposito Rosario, e pediu a intervenção dos seus directos superiores, sem excluir que a Santa Sé possa vir a tomar medidas de carácter canónico.

Apesar disso, há acusações sobre Paulo VI e alguns cardeais da Igreja relacionarem-se a determinadas lojas maçónicas. Entretanto, todas elas carecem de provas. A condenação da Igreja é forte e não muda ainda que membros do clero tenham de alguma forma se associado a sociedade secreta.

Até 1983, a pena para Católicos que se associassem a essa sociedade era de excomunhão. Desde então, a pena é um interdito, afastando o fiel da recepção dos Sacramentos (principalmente Confissão e Eucaristia).